Para concorrer, além de ter estudado em escola pública, os estudantes já devem estar matriculados em uma das instituições de ensino integradas ao Proupe. As 500 novas vagas vão obedecer ao critério de classificação baseado nas listas de espera do programa. Também serão preenchidas 1.351 vagas para bolsas de estudos deixadas por desistentes do ano de 2012.
Para os alunos do segundo período em diante, a avaliação vai levar em conta a média das notas obtidas nas disciplinas cursadas. Para os novatos, será observada a nota do vestibular. Para continuar recebendo a bolsa de estudos, o estudante do Proupe deve manter o vínculo de matrícula com o curso e apresentar aproveitamento acadêmico de, no mínimo, 75%. O aluno não pode estar matriculado em mais de um curso.